Program daha çok Cebir, Analiz ve Geometri-Topoloji alanlarında yoğunlaşacaktır. Matematik Yüksek Lisans Programı, tezli ve tezsiz (projeli) bir yüksek lisans programıdır. Her öğrenci önce Tezsiz Yüksek Lisans Programı’na kaydolur. Program süresince Cebir, Analiz ve Geometri-Topoloji konularında toplam üç tane ve yazılı olmak üzere her dönem sonunda yeterlik sınavları yapılacaktır. Her öğrenci her yeterlik sınavlarına en fazla iki kez girebilir. Sınavları başarıyla geçen öğrenciler Tezli Yüksek Lisans Programı’na geçmeye hak kazanır.
Tezsiz Yüksek Lisans Programı toplam altı yarıyıldan oluşmaktadır. Tezli Yüksek Lisans Programı ise, toplam dört yaryıldan oluşmaktadır. Tezsiz Yüksek Lisans Programı’na devam eden öğrenciler toplam dört yarıyıl içerisinde her dönem en az üç ders (toplam 9 kredi ) alarak, Program’ı en az 36 krediden oluşan ders yükü ile tamamlamaları gerekmektedir. Ayrıca toplam iki yarıyıl içerisinde 0 kredilik Yüksek Lisans Projesi’ni başarıyla tamamlamaları gerekmektedir.
Yeterlik sınavlarından başaralı olup, Tezli Yüksek Lisans Programı’na kabul edilen öğrenciler, toplam iki yarıyıl içerisinde 21 krediden oluşan ders yükünü ve 0 krediden oluşan seminer dersini başarıyla tamamlamaları gerekmektedir. Ayrıca, toplam iki yarıyıl içerisinde 0 krediden oluşan Yüksek Lisans Tezi’ni başarıyla tamamlamaları gerekmektedir.